• Warszawa Gdańska
  – Warszawa ZOO
  – Warszawa Praga
  – Warszawa Toruńska
  – Warszawa Żerań
  – Warszawa Płudy
  – Warszawa Choszczówka
  – Legionowo 
•  Legionowo Piaski

wraz z kursami wariantowymi:

• Warszawa Wschodnia
  – Warszawa ZOO
  – Warszawa Praga
  – Warszawa Toruńska
  – Warszawa Żerań
  – Warszawa Płudy
  – Warszawa Choszczówka
  – Legionowo
• Legionowo Piaski,
  
  
• Warszawa Gdańska
  – Warszawa ZOO
  – Warszawa Praga
  – Warszawa Toruńska
  – Warszawa Żerań
  – Warszawa Płudy
  – Warszawa Choszczówka
• Legionowo,
  
  
• Warszawa Wschodnia
  – Warszawa ZOO
  – Warszawa Praga
  – Warszawa Toruńska
  – Warszawa Żerań
  – Warszawa Płudy
  – Warszawa Choszczówka
• Legionowo.

W celu zmiany kierunku jazdy odbywać się będą przejazdy techniczne (bez pasażerów) na trasie

• Warszawa Gdańska – Warszawa Jelonki.

Zgodnie z uchwałą Nr XXXIX/1186/2008 Rady m. st. Warszawy z dnia 28 sierpnia 2008 r. na trasie linii S9 jako granica strefy biletowej obowiązuje przystanek osobowy Warszawa Choszczówka.