Rządy przejął po ustępującym Józefie Łukasiewiczu i rozpoczął swą prezydenturę 21 marca 1793 roku. Trwała ona do 17 kwietnia 1794 roku.

Andrzej Rafałowicz był również piątym prezydentem Warszawy (od 20 listopada 1794 roku do 25 lipca 1796 roku)

Andrzej Rafałowicz, choć uczestniczył w czasie Sejmu Wielkiego w Czarnej Procesji, która manifestowała poparcie dla obozu reform, zapisał się dość ponuro w historii stolicy.  Bankier i kupiec, posiadacz wielu posesji w Warszawie, tartaku i fabryki, ustosunkował się bardzo wrogo do Powstania Kościuszkowskiego.

Czynny opór przy otwieraniu powstańcom bram ratusza przepłacił utratą urzędu 17 kwietnia 1794 roku kiedy to wybuchło w Warszawie Powstanie Listopadowe (insurekcja warszawska).  Wtedy to mieszkańcy Warszawy, pod wodzą Jana Kilińskiego, przepędziło garnizon wojsk rosyjskich ze stolicy. W szturmie na ambasadę rosyjską powstańcy przejęli dokumenty, które potwierdziły pobieranie rosyjskiej pensji przez czołowe postacie polityki.

Prezydentem został ponownie Ignacy Wyssogota Zakrzewski (pierwszy prezydent)

Andrzej Rafałowicz powrócił do władzy już 20 listopada 1794, gdy wraz z Józefem Łukasiewiczem mianowany został jednym z dwóch prezydentów miasta.
 
25 lipca 1796 roku władzę w Warszawie przejął kolejny zaborca - urzędnik pruski.